上海锐翌生物科技有限公司

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技术简介 技术路线 技术优势 送样要求 案例解析

       真菌属于较低等的真核生物,种类繁多,基因组大小10M~150M不等,存在多倍体和杂合体及重复序列含量高等情况。随着第二代高通量测序技术的成熟,基因组测序成本已大大降低,使得快速而经济的进行真菌基因组测序成为可能,目前真菌基因组学研究已经进入了一个快速增长时期。

 

测序策略
Illumina HiSeq平台测序
测序平台:HiSeq2500
测序类型:双末端测序PE150
文库类型:500bp小插入片段+2kb大插入片段
数据量:推荐覆盖基因组100~150X
组装策略:de bruijn图

 


研究内容
1.功能元件预测

       使用相应软件对基因组组装结果进行预测,从而可以获得基因组编码序列、重复序列、CRISPR、基因岛、前噬菌体等功能元件的信息。
2.基因功能注释

       功能注释主要基于氨基酸序列比对。将预测得到的Protein序列与各数据库进行比对,如GO、KEGG、TrEMBL、PHI、TCDB等数据库,得到对应的功能注释信息。所有的注释均使用BLAST软件结合各个数据库的特点完成。
3.比较基因组分析

       通过获得菌株和参考基因组的SNP、InDel、SV等变异信息,可以精准快捷、系统全面地研究大片段插入、缺失和重排,有助于群体进化研究、分歧时间计算、基因组选择压力分析和菌株分型等。