上海锐翌生物科技有限公司

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技术简介 技术路线 技术优势 送样要求 案例解析

       微生物基因组相对较小,通过高通量测序了解其全部遗传信息已经成为微生物研究的重要组成部分。通过高通量测序和专业的信息分析,能够了解某物种基因组各功能元件,对基因功能进行分类,鉴定未知功能基因,并比较物种间的进化关系。

 

 

测序策略

(1)Illumina HiSeq平台测序
测序平台:HiSeq2500
测序类型:双末端测序PE150
文库类型:500bp插入片段
数据量:推荐覆盖基因组100~150X
组装策略:de bruijn图
(2)PacBio平台测序
测序平台:PacBio RS II
测序类型:PacBio长reads,10kb
数据量:50~100X
组装原理:用短reads对长reads进行纠错,纠完错的长reads,用Overlap layout Consensus方法组装


研究内容
1.功能元件预测

       使用相应软件对基因组组装结果进行预测,从而可以获得基因组编码序列、重复序列、CRISPR、基因岛、前噬菌体等功能元件的信息。
2.基因功能注释

       功能注释主要基于氨基酸序列比对。将预测得到的Protein序列与各数据库进行比对,如GO、KEGG、TrEMBL、PHI、TCDB等数据库,得到对应的功能注释信息。所有的注释均使用BLAST软件结合各个数据库的特点完成。
3.比较基因组分析

       通过获得菌株和参考基因组的SNP、InDel、SV等变异信息,可以精准快捷、系统全面地研究大片段插入、缺失和重排,有助于群体进化研究、分歧时间计算、基因组选择压力分析和菌株分型等。