开课时间

内   容

7月27日

第1天

上午

基本介绍

1.       高通量测序技术在生命科学领域的广泛应用

2.       肠道微生物与宏基因组学介绍

3.       电脑调试以及各类软件包安装

下午

Linux命令上机操作

1.       登录界面

2.       常用命令操作（基本命令和高级命令初步）

3.       权限控制

4.       Vim编辑器

第2天

上午

Perl语言入门

1.       Perl语言简介和特征

2.       Perl语言的变量、数组、哈希

3.       条件与循环

4.       函数

5.       上机操作

下午

Perl语言入门

1.       Perl字符串处理、正则表达式

2.       文件IO操作

3.       调用系统命令

4.       Perl脚本结构和案例

5.       上机操作

第3天

上午

Python语言入门

1.       Puthon语言简介与特征

2.       Python的数据类型

3.       生物信息常用包

4.       Biopython的基本处理

5.       上机操作

下午

R语言和科学作图入门

1.       R编辑器：Rstudio

2.       常用变量

3.       函数的应用，参数的了解以及自己编写的函数

4.       R数据处理

5.       模块的安装

6.       各种图形展示

第4天

上午

16S和宏基因组分析

1.       16S简介，测序原理及方案

2.       Qiime 16S分析流程

3.       16S分析结果解析

4.       16S案例解析

5.       宏基因组分析流程初探

下午

单菌基因组分析

1.       基因组组装（组装原理、参数选择、组装结果评价）

2.       功能原件预测（编码序列、tRNA、rRNA）

3.       基因功能注释（基于blast比对，用NR、swissprot、KEGG、COG、GO数据库对基因功能进行注释）

4.       SNP、InDel分析（用SoapSNP、和SoapInDel分别进行SNP和InDel分析）

第5天

宏基因组结果解析与方案设计

1.       分析结果解读

2.       经典案例解析

3.       项目设计思路