上海锐翌生物科技有限公司

服务电话:021-51001612

邮箱:support@realbio.cn

技术课堂

几种维恩图的绘制方法
发布时间:2018-04-10 14:40   点击率:
无论是二代测序还是芯片分析,在检测到基因后,您也许想知道哪些基因是受测样本共有的,哪些是样本独有的,这时最简单的就是采用维恩图分析,这里介绍几种维恩图的绘制方法。


在线维恩图绘制
 
2-4个分组的维恩图绘制,
网址:http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
简单粗暴,
填入相应的list内容后即可自动刷新呈现结果:



 
系统默认是Solid White,
我们选择Colors后,变成:


 
更多在线维恩图绘制:http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/
http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html


本地维恩图绘制

软件:VennPainter,下载地址:https://www.linguoliang.net/blog/download/
VennPainter可以绘制2-8个样本的venn图,
输入文件为每个样本的基因的名称,
每个样本分别以txt文件保存,
文件名为样本名称。
VennPainter界面上有绘制维恩图的详细步骤,
不同样本的数据文件可以同时载入。



 
还可以进行样式选择及颜色修改,
比在线软件更人性化。
 


R语言绘制维恩图
 
R中绘制维恩图的包很多,VennDiagram、gplots、venneuler等,这里介绍VennDiagram的使用。
输入文件:第一列是基因名称,
其余列表示样本是否检测到该基因
(值的大小无所谓,0表示没有检测到,大于0表示检测到),
保存到以tab格式分割的txt文件中,
如下表所示:


 

安装并载入VennDiagram包:
Install.packages(“VennDiagram”)  #安装
library(VennDiagram)  #加载
data <- read.table(“gene.txt”, sep = "\t", header = T, row.names = 1,check.names = F)  #读入数据
VennDiagram绘图的主函数venn.diagram()的可选参数有很多,主要有以下几个:
 


venn.diagram()函数需要输入list的格式,因此需要对输入数据进行转换:
data.list <- mapply(function(x){rownames(data[data[x]>0,])},names(data))
venn.diagram(data.list, filename = “gene_venn.png”,
imagetype = "png", height = 1000, width = 1000, #输出文件格式、大小
fill = c("red", "blue","green","purple",”yellow”), #填充颜色
label.col = "white",cex =1.2, #每个区域标签属性设置
cat.col =c("red", "blue","green","purple",”yellow”), #样本标签颜色
col="transparent", #线条颜色设置为透明
margin=c(0.1,0.1,0.1,0.1))
venn.diagram()函数有很多参数,通过调整参数来改变维恩图的展现方法,相较于其他方法更复杂,却可以绘制更好看的图。

锐翌原创文章,未经授权严禁转载。