Prokka是一个命令行软件工具，在一台典型台式机上充分注释一个细菌基因组草图的时间不到10分钟。它产生标准兼容的输出文件，以进行后续分析或者在基因组浏览器中查看。Prokka是用Perl实现的，在遵循开源GPLv2许可证下，可以从官网免费获得。

http://www.vicbioinformatics.com/software.prokka.shtml



安装

#下载并提取最新版的Prokka
cd ~/
git clone https://github.com/tseemann/prokka.git

#安装依赖关系
sudo apt-get -y install bioperl libdatetime-perl libxml-simple-perl libdigest-md5-perl

#需要perl的XML包
sudo bash
export PERL_MM_USE_DEFAULT=1
export PERL_EXTUTILS_AUTOINSTALL="--defaultdeps"
perl -MCPAN -e 'install "XML::Simple"'
exit

#添加环境变量和设置数据库
export PATH=$PATH:$HOME/prokka/bin
prokka --setupdb

#展示已经安装了哪些数据库
prokka --listdb

Prokka使用Uniprot数据库作为参考数据库，也可以通过添加命令行参数指定额外的数据库，如：肠球菌属数据库通过添加参数–usegenus –genus Enterococcus实现。


运行

#为注释创建一个新目录
cd ~/
mkdir annotation
cd annotation

#将宏基因组组装结果文件subset_assembly.fa链接到该目录
ln -fs ~/mapping/subset_assembly.fa

#运行Prokka
prokka --outdir prokka_annotation --prefix metagG subset_assembly.fa

命令行参数：
--outdir：输出目录
--prefix：输出文件名前缀
--kingdom：注释模式:古生菌、细菌、线粒体或病毒，默认细菌
详细参考：
https://github.com/tseemann/prokka/blob/master/README.md#command-line-options

结果说明参考：
https://github.com/tseemann/prokka/blob/master/README.md#output-files

结果文件夹中包括一系列文件，所有输出结果的格式说明：

主要参考：

Prokka官网：http://www.vicbioinformatics.com/software.prokka.shtml

https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/prokka_tutorial.html

https://github.com/tseemann/prokka/blob/master/README.md

Seemann T. Prokka: rapid prokaryotic genome annotation. Bioinformatics. 2014 Jul 15;30(14):2068-9. PMID:24642063

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