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实用帖 | Circos绘图之刻度调整
发布时间:2018-01-11 11:18   点击率:
使用Circos画图,需要有大量的配置信息。将全部信息写进一个文件会使得文件过于复杂,修改起来也不方便,Circos可以将配置信息写入不同的文件中,使用<<include xxx.conf>>进行调用。今天和大家分享下如何利用该模块设置图形的刻度。

调整刻度

可以将该部分写入ticks.conf ,在主conf文件中使用<<include ticks.conf>>调用。
先画一个简单的坐标:
#显示刻度线
show_ticks = yes
#显示刻度对应的标量
show_tick_labels = yes  

#下面对刻度进行参数设置,这些参数应写在<ticks></ticks>间。
<ticks>
#刻度的位置,r表示’chromosomes’的位置,可以通过<ideogram>中的radius进行调整。
radius = 1r+1p
#刻度线的颜色
color = black
#刻度线的宽度
thickness = 2p
#multiplier 参数可对显示的labels进行处理,如对坐标乘以1e-6再显示.
multiplier = 1e-6
#format参数选择laels的格式,%d表示整数。
format = %d

#@1 < tick> 里对刻度单独设置
<tick>
#显示label
show_label = yes
#spacing参数调整刻度间的距离,u表示chromosomes_units,可以进行调整。 size调整刻度线长度。
spacing = 25u
size = 10p
label_size = 20p
</tick>
</ticks>

一个简单的设置就完成了,效果如下:




除了显示绝对数量,还可以显示相对数量。
将@1处的<tick>进行修改:
<tick>
show_label = yes
spacing_type = relative
#rspacing用百分比来设置距离
rspacing = 0.2
size = 10p
label_relative = yes
label_size = 20p
format = %.2f
</tick>

效果如下:



可以使用rmultiplier和suffix参数将小数变为百分比。



Circos 允许添加多个刻度,可以通过添加<tick>来添加坐标数量。


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