上海锐翌生物科技有限公司

服务电话:021-51001612

邮箱:support@realbio.cn

技术课堂

你想要的它全有——METAGENassist帮你搞定整篇文章的图形需求
发布时间:2017-12-07 18:27   点击率:
物种组成柱状图,饼图,fold-change分析,组间差异检验,火山图,物种相关性热图,pca,PLSDA,进化树,随机森林,SVM,这么多的分析,你肯定觉得做起来很费时间吧。不过小锐有妙招,hiahiahia今天要跟大家介绍一款在线的分析神器——METAGENassist。用了这款软件,即使你是分析小白,也能迅速搞定上面的所有分析。

 
1. 软件简介

METAGENassist——statistical tools for comprehensive metagenomics是一款专门用于测序数据统计的在线网页服务。

网址如下:http://www.metagenassist.ca/METAGENassist/faces/Secure/DownloadView.jsp?form1:NavigationBar:imageHyperlink1_submittedLink=form1:NavigationBar:imageHyperlink1

进入主页有软件的整体介绍,包括项目介绍、数据输入格式、数据处理流程、统计分析类型、数据输出几个部分。

该软件需要两个输入文件:丰度表文件(taxonomic profile)和分组文件(metadata file)。丰度表文件接受的格式众多,包括mothur、QIIME、MG-RAST、MEGAN、STAMP等软件的输出文件及biom、csv、spf等为后缀的文件。点击Data Formats后可以显示接受的所有文件格式及详细介绍,download可以直接查看参考示例。

 

Metadata file输入格式为逗号分隔的csv文件,示例如下:


2. 操作流程

简单介绍之后,我们接下来将通过一个示例操作,告诉大家如何使用METAGENassist。

首先,上传数据,以锐翌 16S分析中biom格式的OTU丰度表作为示例。

Biom文件格式如下:

Metadata文件格式如下:

输入文件后submit提交,出现文件基本信息,确定是用OTU ID作为标签,还是选择将归于同一物种的OTU合并,将OTU丰度表转换为物种丰度表。

选择将OTUs归类为物种后点击提交,进入下一步,数据筛选Data filtering,数据筛选遵循以下标准:




根据实验需要确定变量筛选标准后,点击提交,出现筛选结果总结。

点击继续continue,进行数据标准化,从而使得样品之间,同一样品中的物种之间具有可比性。

点击process继续,出现经过标准化的数据分布,由于图片大小限制,最多只能展示50个变量的分布变化情况。

继续点击next,将会出现所有可以展示的结果,根据需要点击分析项目,同时可以个性化修改图形展示结果。

接下来就是结果的展示了:
 
物种组成饼图


柱状图


热图


PCA 


3D-PLSDA



T检验差异物种


T检验p值分布图


火山图


Fold-change分析



spearman相关性热图


进化树 


随机森林特征重要性排序图


SVM错误率

   

最后,所有的结果均可一键下载。

好啦,就是这么简单。有了METAGENassist,再也不用抱学霸的大腿了~~快去试试吧!

锐翌原创文章,未经授权严禁转载。