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Circos初探
发布时间:2017-08-25 18:35   点击率:
circos简介
Circos可以轻易地根据纯文本的配置文件,将用户的输入数据转化为像素图片(PNG)或矢量图片(SVG)。它使用Perl语言编写,采用GPL许可,可以运行于任何有Perl语言解释器的操作系统(如 Windows, Mac OS X, Linux 及其他类UNIX系统),关键它还免费!

1、预备工作—安装perl
由于circos是基于perl编写的,因此装circos之前需要确保perl的正确安装(已装perl则忽略此步骤)。

① 进入perl软件下载页面http://www.perl.org,选择download菜单。


② 进入download菜单页面,会有三种操作系统的下载文件,我们选择windows,推荐下载strawberry perl这个版本。


③ 点击链接,会跳转到另一个下载页面,这时根据自己的电脑是32位还是64位选择下载正确版本。


④ 运行.msi文件,然后按win+R输入cmd,打开控制台,输入测试命令:perl -v,如果能正确输出版本信息,说明安装成功。


2、安装Circos
(1) 安装好了circos运行环境,下一步就要安装circos了。访问http://circos.ca/,选择software菜单。


(2) 选择子菜单,download菜单。


(3) 进入download有比较多版本可以选择,而且也有一些辅助软件,可以只选择最新版本下载。这个是压缩文件,解压即可使用不需要安装。


3、下载必要模块
解压完成后,在cmd中进入circos的安装目录,输入perl.\bin\circos-conf.\example\etc\circos.conf。要能正常运行Circos,还依赖一些必要的模块,这里列出的是基本模块,如果运行例程时提示miss the Perl module ***,就需要自己手动下载缺失的模块。如下图错误就是缺失了必要的模块Font::TTF::Font等,需要下载。


<1> 访问http://www.cpan.org/,在search里面输入你缺失的模块名称,然后search。


<2> 选择第一个结果。


<3> 下载这个模块。这是一个待解压的文件,解压后我们找到这里面的所有的.pm文件,一般来说都在根目录和lib中,但是也有例外。


<4> 把模块的.pm文件放到Circos的lib文件夹中。需要注意的是,类似上面的Font::TTF::Font要现在lib文件夹中先创建一个文件夹Font,然后再把Font的.pm文件拷到Font文件夹中。重复<1> — <4>步操作,把其他基本模块下载下来,然后拷贝到lib文件夹下,如下图目录所示。


4、使用circos
[1] 自带例程使用
Circos这个压缩文件里面自带了一个例程工程,我们可以用这个例程来测试是否能够正常出图。打开控制台cmd,跳转到我们的Circos根目录,如这里就是circos-0.69-6这个根目录。根据自己解压位置,用cd命令来跳转到根目录即可。


[2] 执行perl命令
perl .\bin\circos -conf .\example\etc\circos.conf。这句命令可以这么理解,perl是命令头,这个很好理解,就是使用perl进行编译执行;这个命令现在后面有三个参数,第一个是指使用bin文件夹下的circos来运行这条命令;第二个参数是一个描述,指编译执行conf文件;最后一个参数就是具体的.conf文件的具体位置。我们打开etc这个文件夹,可以看到还有很多其他的.conf文件,这些文件其实都是circos.conf的依赖项,我们可以打开circos.conf看到有很多<<include ***.conf>>的语句,这可以理解为依赖这个.conf文件。执行成功,我们可以从控制台看到花费时间,同时在根目录会生成一幅circos.png图片。


5、使用官网上其他例程
Ⅰ 访问http://circos.ca/documentation/tutorials/quick_start/,可以看到有9个工程例程,从1到9是逐步地向图形当中添加各种元素的过程。


Ⅱ 这里以第9个为例,点击第9个链接。可以看到有三个菜单,Lesson、image和configuration。第一个是简单说明;第二个是运行结果产生的图片;第三个是配置文件,也是最核心的代码部分。


Ⅲ 既然已经给出了配置文件,那我们就可以在指定目录下创建相应的配置文件,然后采用perl .\bin\circos -conf .\example\etc\circos.conf -outputdir output -outputfile example9.png,outputdir参数是设置输出文件存放的文件夹,outputfile是设置输出文件的名称,防止之前生成的文件被覆盖。创建的配置文件如下所示。



Ⅳ 在cmd窗口中执行上诉命令。会出现如下错误。




Ⅴ 这次就先到这里,下次带大家寻找问题的根源。最终解决后的文件和图形如下。