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技术课堂

16S高通量测序结果快速解读指南
发布时间:2017-08-11 16:25   点击率:
哈喽,各位看官,当您收到完整的16S测序分析结果却一头雾水、不知如何下手时,是不是顿时感觉很慌张?不过小锐认为大可不必如此,因为锐翌大家族将会全程陪您一步一步深入了解结题报告。在这之前,小锐先来向您展示这份报告中最主要最关键,必定也是您最关心的研究“干货”。

首先要对我们的结题报告有一个初步的了解,我们的分析内容包括:

经过上述浏览,想必您已经知晓我们为您提供的分析内容了。接下来,在准备开启“观光”分析结果之前,首先要请您仔细检查交付文档!因为交付文档中包含的是全部分析结果所在位置的“机密”。


重点来了!哪些分析对您来说是重中之重的呢?下面随着小锐一起来开启“寻宝之旅”吧~

1. 样品OTU和优势物种聚类分析
1.1 OTU分析
OTU分析,我们最需要关注的结果包括:
想要详细了解OTU,请点击题目阅读《16S测序,不知道OTU你就out了! 》 和《 有对比,更清楚 | OTU聚类方法大揭底》。

1.2 物种丰度热图


结果目录
06_classification_abundance_analysis\heatmap\

2. Alpha多样性(Alpha diversity)
Alpha多样性用来描述单个样品的物种多样性,分析内容包括常用的Alpha多样性指数。

结果目录
07_Alpha_diversity \total_alpha_rare\ alpha_marker.tsv
07_Alpha_diversity\group\box_plot\

这里我们要重点关注两个指数:shannon指数和simpson指数。
shannon指数用来估计微生物群落的多样性,包含物种数和物种间个体分配的均匀性两部分。shannon值越大,多样性越高。
simpson指数是指随机抽取的两个个体属于不同种的概率,和shannon指数一样用来估算微生物群落的多样性,simpson指数越大,多样性越高。
结果目录
07_Alpha_diversity\alpha_statistic.tsv\

Alpha多样性更多详情请见《学好物种多样性分析,要从Alpha多样性抓起!

3. Beta 多样性(Beta diversity)
与Alpha多样性分析不同,Beta 多样性分析是用来比较一对样品在物种多样性方面存在的差异大小。

3.1 PCoA分析及NMDS分析

加权(Weighted):考虑物种的丰度,保留物种原丰度特征;
非加权(Unweighted):不考虑物种的丰度进行加权处理,扩大或缩小物种丰度的差异。

结果目录
08_Beta_diversity\group\pcoa\
08_Beta_diversity\group\nmds\

3.2 Anosim分析及物种MRPP分析
Anosim相似性分析是一种非参数检验,用来检验组间(两组或多组)的差异是否显著大于组内差异,从而判断分组是否有意义。

Anosim分析图(左图为Weighted_Unifrac结果,右图为Unweighted_Unifrac结果)

注:Between组相对与其他每个分组的秩较高时,则表明组间差异大于组内差异。R大于0,说明组间差异大于组内差异;R<0,说明组间差异小于组内差异。P小于0.05 表示统计具有显著性。

MRPP组间差异分析是用于分析组间微生物群落结构的差异是否显著的一种分析方法。

MRPP组间差异分析表

注:A值大于0,说明组间差异大于组内差异;A值小于0,说明组内差异大于组间差异。

结果目录
08_Beta_diversity\group\anosim\
08_Beta_diversity\group\mrpp\mrpp.tsv

值得注意的是:PCoA分析与Anosim分析是黄金搭档,搭配使用时Anosim分析可只展示R和P的数值即可;PCoA分析与Anosim分析也可用NMDS分析与MRPP分析替代。

Beta多样性更多详情请关注《微生物β多样性,组间比较的利器》 、《热图争霸——没有最好,只有更好》、《PCA、PCoA、NMDS、CCA、RDA傻傻分不清楚》、《扒一扒MRPP组间差异分析和他的CP那点儿事》。

4. 显著性差异分析
4.1 LDA EffectSize(LEfSe分析)

LEfSe采用线性判别分析(LDA)来估算每个组分(物种)丰度对差异效果影响的大小,找出对样品划分产生显著性差异性影响的群落或物种。

结果目录
09_diff_analysis\group\LEfSe\

具体差异物种在各样品中的丰度分布情况:

结果目录
09_diff_analysis\group\LEfSe\biomarkers_raw_images

4.2 组间秩和检验分析(和LEfSe一样都是寻找差异物种,只是统计方法不同)

结果图示分以下4种,即:差异物种(OTU)表格、boxplot、PCA分析和热图。

结果目录
09_diff_analysis\group\genus_diff.marker.tsv
09_diff_analysis\group\genus_diff\boxplot
09_diff_analysis\group\genus_diff\pca
09_diff_analysis\group\genus_diff\heatmap

我们还为您准备了各式各样的高级分析,相关文章:《春意盎然,锐翌16S扩增子测序换新衣!》、《将环境因子引入微生物群落研究的CCA/RDA分析》和《一款高大上的个性化分析:差异物种与代谢通路关联分析》。

以上就是关于16S结果快速概览的解读,怎么样,是不是有一种拨开云雾见到天的感觉呢?但小锐认为这并不代表我们就已经站在山顶纵览数据分析解读的全世界了,唯有不断深入了解结题报告的全部内容,才能逐步欣赏到这个世界的精彩纷呈。小锐也将会一直陪伴您的左右,为您排忧解难。