我的网站

服务电话:021-51001612

邮箱:support@realbio.cn

技术讲堂

简易物种分型软件—OrthoANI Tool
发布时间:2017-03-28 14:57   点击率:
在进行基因组比较分析时,经常需要评估基因组两两之间的相似度。这里介绍一款可以本地使用的软件:OAT(Orthologous Average Nucleotide Identity Tool ),它可以计算平均核苷酸相似度,而且易于操作。

软件官网
http://www.ezbiocloud.net/tools/orthoani
网站上提供的是64位的版本以及命令行版本,这里简单介绍一下本地对OAT的安装以及使用。


安装
在安装OAT之前,需要先安装NCBI BLAST。OAT要求ncbi-blast-2.2.30+或者更新的版本,目前的最新版本为2.6.0+。

1、安装Blast

1.1 打开下载链接ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/,根据电脑系统以及软件要求选择相应版本的blast,比如:


1.2 双击下载后的blast软件,选择软件安装地址,确认安装:



2、下载OAT
在官网选择需要的OAT版本进行下载,这里下载的是OAT Runnable JAR,下载路径为http://www.ezbiocloud.net/download/OAT.jar。下载完成之后无需安装,只需要对OAT进行配置。


3、配置OAT
在blast安装完成之后,对OAT进行配置。

3.1 双击OAT.jar,单击setting:

 


3.2 设置blast二进制可执行文件的路径,对应为blast文件夹下的bin文件夹:

 

 

这步完成之后,OAT就可以使用了。


使用

Ⅰ、选择添加比较的基因组或删除比较的基因组:

 


Ⅱ、在添加了比较的基因组之后软件会对基因组的序列ID、contig的数目、基因组大小、GC含量进行统计:
 
 

Ⅲ、选择ANI统计算法,点击运行:
OrthoANI (Orthologous Average Nucleotide Identity)是一种衡量两个基因组序列相似性的算法,是对Original ANI (Average Nucleotide Identity )的升级,可以用于物种的分类,物种划分的ANI阈值为95~96%左右。

OriginalANI和OrthoANI的主要区别在于:
使用OriginalANI需要计算两次ANI值,也就是A->B和B->A,然后将两次计算得到的ANI系数的平均值作为物种分类的依据;
而使用OrthoANI,只需要计算一次就可以得到两个基因组间的ANI系数(A<->B);
OrthoANI比OriginalANI计算速度更快。

GGDC(genome-to-genome distance calculator)用于计算基因组间的距离。
 
Ⅳ、点击输出表格或图片,获得结果: