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Sequel 荣登锐翌基因科服舞台,领跑长读长测序市场
发布时间:2017-04-14 14:39   点击率:
微生物组研究如火如荼的时代,测序仪器如雨后春笋般的出现在科研舞台。随着科研大咖们对测序数据组装、准确率等要求越来越高,测序仪器也在迅速地更新换代。2015年9月30日,PacBio 第三代测序仪推出最新型号 Sequel,10月6日在 ASHG 上首次亮相,吸引了全球生物界的目光,引发了资本市场和生物技术市场的轩然大波。锐翌生物科技有限公司作为微生物组研究的领跑者,基于三代 Sequel 测序仪的优势,助力科研工作者开启微生物基因组组装和精准医学研究的新纪元。

Sequel 测序原理

采用PacBio的经典技术单分子实时测序(SMRT,Single Molecule Real-Time Sequencing)技术原理进行测序。Sequel 测序仪将光路检测内置于Cell中,节省仪器空间,使每个Cell上的15万个零模式波导(ZMWs,Zero-Mode Waveguide)(Pacbio RS Ⅱ)升级到100万个零模式波导。每个零模式波导都能够包含一个DNA聚合酶及一条不同的DNA样品链,当核酸参入时,光学系统将捕获的信息翻译成ACGT碱基。一旦测序开始,实时数据传送到初步分析流水线,生成相应的碱基类别和质量值。



Sequel 测序仪在Pacbio RS Ⅱ 的基础上进行改良优化,具有Pacbio RS Ⅱ 测序准确度高、读长超长、无GC偏好性等优点的基础上,大幅度提高测序通量,有效降低测序成本,解决基因组的复杂性难题。

 

Sequel 测序技术指标

1. 与Pacbio RS Ⅱ 相比,Sequel 测序运行时间短,数据产出量高,测序效率提高,节省成本;

2. 与Pacbio RS Ⅱ 相比,Sequel 测序产生的序列读长长,有利于基因组de novo组装。


Sequel 测序组装指标
与Pacbio RS Ⅱ 相比,Sequel 测序结果的组装指标(Contig N50、最长Contig读长)更佳。


Sequel 测序应用
1. 动植物基因组组装:对高度复杂的物种,以更简洁的方式构建基因组参考序列;
2. 全长转录组分析:改进基因组参考序列的基因注释准确性、鉴定重要基因家族的各种转录本信息、帮助发现新的基因;
3. 基因组复杂的变异;
4. DNA碱基修饰:当聚合酶遇到模板上甲基化的A、C等碱基时,聚合的速度明显变慢,并且光谱特征发生改变,可用来直接检测甲基化。


锐翌基因作为微生物组研究行业的佼佼者,借助PacBio Sequel 测序系统主要为广大科研工作者提供微生物多样性测序的服务。



Sequel 助力16S全长测序
测序优势:
1. 基于PCR-Free建库,减少了由扩增引起的偏向性和覆盖度不均一;
2. 更高的数据质量,测序过程中仪器本身矫正模式可获得高质量的数据[1]

3. 在各分类水平上,鉴定到物种的数目更多[2]

 


4. 长读长(10~18kb),覆盖16S全长(1540bp),各分类学水平比对率均提高,尤其在种水平效果显著[3]
 

 

5. 与Pacbio RS Ⅱ 相比,运行时间短,数据产出量高7倍左右,有效降低测序成本。

参考文献
[1]Fichot E B, Norman R S. Microbial phylogenetic profiling with the Pacific Biosciences sequencing platform[J]. Microbiome, 2013, 1(1):1-5.
[2]Yarza P; Yilmaz P; Pruesse E; Glöckner FO; Ludwig W; Schleifer KH; Whitman WB; Euzéby J; Amann R; Rosselló-Móra R. Uniting the classification of cultured and uncultured bacteria and archaea using 16S rRNA gene sequences.[J]. Nature Reviews Microbiology, 2014, 12(9):635.
[3]Singer E, Bushnell B, Colemanderr D, et al. High-resolution phylogenetic microbial community profiling[J]. Isme Journal, 2016, 10(8):2020.